O PDI 2006 - 2010 foi o segundo PDI elaborado pela instituição, e estabeleceu as metas da Instituição entre 2006 e 2010. O documento foi publicado oficialmente em abril de 2008 e, assim como o primeiro, foi elaborado sob a coordenação da Pró-Reitoria de Planejamento.

A metodologia adotada previa a realização, em março de 2006, de um seminário de planejamento da gestão 2006-2009. O evento tinha como propósito elaborar o plano de gestão da UFSM para aquele período, e contou com a participação dos dirigentes das unidades e subunidades da administração central da UFSM.

Durante o seminário, a gestão apresentou as propostas de diretrizes, indicadores, metas e ações para os quatro anos seguintes. Ainda houve a formação de grupos de trabalho constituídos por membros de áreas relacionadas, que discutiram e apresentaram para o grande grupo seus objetivos e planos de ação.

As decisões tomadas foram encaminhadas à Pró-Reitoria de Planejamento, que as expôs à administração central. A consolidação das metas e rumos para o período entre 2006 e 2010 se deu após aprovação por parte do Conselho Universitário.

O Plano de Gestão 2006-2010, que originou o segundo PDI, apresentou uma visão geral da Instituição, demonstrando suas políticas de ensino de graduação, pós-graduação e pesquisa; de extensão; de atendimento aos discentes; de práticas de educação a distância e de educação inclusiva.